생명의학·약물

아미노산이 이어져 접힌 분자로, 효소·수용체·운반체처럼 세포 안에서 일을 맡습니다. 많은 약의 표적이 단백질입니다.

몸의 상태나 치료 반응을 객관적으로 재는 지표입니다. 혈액 속 물질의 농도, 유전자 변이, 영상 소견이 쓰입니다.

약이 목적한 작용 말고 일으키는 원치 않는 작용입니다. 약과의 인과를 따지지 않고 기록하는 이상사례와 구별합니다.

세포 안에서 분자들이 차례로 반응해 한 가지 기능을 이루는 연쇄입니다. 대사 경로와 신호 전달 경로가 대표적입니다.

약이 붙어 작용을 바꾸는 생체 분자입니다. 효소, 수용체, 이온 통로 같은 단백질이 대부분입니다.

단백질이나 기능을 가진 RNA 를 만드는 정보가 담긴 DNA 구간입니다. 약물 재창출 그래프에서는 질병과 약물을 잇는 가운데 마디가 됩니다.

유전자가 발현되어 만들어진 단백질이나 RNA 입니다. 약은 대개 유전자가 아니라 유전자 산물에 결합합니다.

질병이 있을 때 환자가 느끼거나 겉으로 드러나는 변화입니다. 같은 증상이 여러 질병에 나타나므로 질병끼리 비교하는 단서가 됩니다.

몸의 구조나 기능이 정상에서 벗어나 증상이나 손상을 일으키는 상태입니다. 데이터에서는 Disease Ontology 나 MeSH 같은 분류의 식별자로 가리킵니다.

몸의 기능을 유지하거나 개선하는 데 도움이 된다고 기능성을 인정받은 원료로 만든 식품입니다. 의약품과 달리 질병의 예방이나 치료 효능을 표시할 수 없고, 인정받은 기능성 문구만 쓸 수 있습니다.

항체·단백질·세포처럼 생물에서 얻거나 생물 공정으로 만드는 약입니다. 분자가 커서 주사로 주는 경우가 많습니다.

몸이 약을 흡수·분포·대사·배설하는 과정과 그에 따른 농도 변화를 다룹니다. 용량과 투여 간격을 정하는 근거가 됩니다.

약이 몸에 어떤 효과를 어느 정도로 내는지를 다룹니다. 농도와 효과의 관계, 표적 결합 뒤의 반응을 봅니다.

작용 기전이나 효과가 같은 약을 묶은 무리입니다. 같은 분류의 약은 쓰임과 부작용이 비슷한 경우가 많습니다.

질병을 진단·치료·예방하려고 쓰는 물질입니다. 데이터에서는 제품 이름이 아니라 유효 성분 단위로 다룹니다.

두 약을 함께 쓸 때 한 약이 다른 약의 효과나 농도를 바꾸는 현상입니다. 효과가 세지거나 약해지고 독성이 생길 수 있습니다.

약이 어떤 표적에 어떻게 작용해 효과를 내는지에 대한 설명입니다. 재창출 근거를 사람이 읽을 수 있게 만드는 핵심 정보입니다.

화학 합성으로 만드는 분자량이 작은 약입니다. 대개 먹는 약으로 만들 수 있고 세포 안 표적에도 닿습니다.

약을 쓰도록 허가받았거나 근거가 인정된 질병이나 상태입니다. 허가된 적응증 밖에서 쓰면 허가 외 사용이 됩니다.

허가받은 적응증·용량·대상 밖에서 약을 쓰는 일입니다. 재창출 연구의 단서가 되지만 효과와 안전은 따로 확인해야 합니다.

정해진 구조를 가진 화학 물질입니다. 약물 그래프에서는 허가된 약과 실험용 물질을 함께 담는 상위 클래스로 씁니다.

약을 해부학적 기관, 치료 하위군, 치료·약리 하위군, 화학·치료·약리 하위군, 화학 성분의 다섯 단계로 나누는 국제 분류입니다. 의약품 사용량 통계와 비교에 씁니다.

약물과 표적이 얼마나 단단히 붙는지를 나타내는 값입니다. Kd·Ki 처럼 농도로 적고 값이 낮을수록 강하게 붙습니다. 억제 실험의 IC50 도 함께 쓰지만, 실험 조건에 따라 달라지는 억제 효능 값이라 친화도와 그대로 같지 않습니다.

유전자나 그 산물이 어떤 생물학적 경로의 반응에 들어 있다는 관계입니다. 표적과 질병이 같은 경로에서 만나는지 볼 때 씁니다.

그래프의 관계 하나가 어느 원천, 어느 판, 어떤 이용 조건에서 왔는지를 남긴 기록입니다. 이용 조건이 원천마다 다른 생명의학 데이터에서 공개 범위를 가르는 기준이 됩니다.

약물이 표적 분자에 결합하거나 활성을 바꾸는 관계입니다. 실험 측정이나 문헌에서 모아 그래프의 결합 관계로 넣습니다.

약이 질병 자체를 고치지 않고 증상을 줄이는 관계입니다. 진통제와 해열제의 쓰임이 대표적입니다.

유전자의 변이나 발현이 질병과 관련 있다는 관계입니다. 유전체 연구, 문헌, 데이터베이스마다 근거의 세기가 다릅니다.

두 질병이 증상, 유전자, 문헌 동시 출현 같은 기준으로 얼마나 닮았는지를 나타내는 관계입니다. 한 질병의 약을 닮은 질병으로 옮겨 볼 단서가 됩니다.

약이 질병의 원인이나 진행을 바꾸는 효과가 있다는 관계입니다. 증상만 줄이는 완화 관계와 나눠 적습니다.

두 화합물의 분자 구조가 얼마나 닮았는지를 나타내는 값입니다. 구조가 닮은 약은 표적이나 효과가 비슷할 수 있다는 가정에 씁니다.

재창출 후보의 약과 질병 사이를 실제로 잇는 그래프 경로입니다. 점수만 내지 않고 이 경로를 함께 보여야 사람이 판단할 수 있습니다.

약과 질병 사이에 이미 확인된 치료나 완화 관계입니다. 재창출 계산에서는 후보에서 빼거나, 감춰 두고 다시 찾는지로 성능을 잽니다.

약의 표적 집합과 질병 유전자 집합이 분자 상호작용 그래프에서 얼마나 가까운지를 재는 값입니다. 가까울수록 약이 그 질병에 작용할 가능성이 크다고 봅니다.

그래프에 아직 없는 관계가 있을 가능성을 계산하는 일입니다. 재창출에서는 약과 질병 사이의 치료 관계를 예측 대상으로 둡니다.

이종 네트워크에서 노드 종류와 관계 종류의 순서로 정한 경로의 틀입니다. 같은 틀을 따르는 실제 경로를 세어 두 노드의 관련성을 잽니다.

사람에게 쓰기 전에 세포나 동물로 약의 효과와 독성을 보는 시험입니다. 결과가 임상시험 계획 승인의 근거 자료가 됩니다.

알려진 정답 가운데 순위 상위 k 개 안에 들어온 비율입니다. 재창출에서는 감춰 둔 기지 적응증을 상위 몇 개 안에서 다시 찾는지로 씁니다.

표적에 원하는 작용을 보여 최적화를 시작할 만한 화합물입니다. 효과, 선택성, 약동학을 고쳐 후보 물질로 다듬습니다.

이미 허가되었거나 개발된 약에서 원래와 다른 질병에 쓸 길을 찾는 일입니다. 안전성 자료가 있어 새 약을 만드는 것보다 기간과 비용이 줄 수 있습니다.

노드와 관계의 종류가 여럿인 그래프입니다. 유전자, 약, 질병, 경로를 한 그래프에 넣고 종류가 다른 관계로 잇습니다.

계산으로 어떤 질병에 쓸 가능성이 있다고 순위가 매겨진 약입니다. 후보는 가설이며 실험과 임상으로 확인하기 전에는 치료 근거가 아닙니다.

질병에 관여해 약으로 조절할 만한 분자를 찾는 신약 개발의 첫 단계입니다. 유전체, 경로, 문헌 근거를 모아 후보를 좁힙니다.

같은 대상이 데이터베이스마다 다른 식별자를 가질 때 그 식별자들을 잇는 기록입니다. 원천을 합칠 때 같은 대상을 두 번 넣지 않게 해 줍니다.

유럽생물정보연구소가 운영하는 생물활성 데이터베이스입니다. 화합물과 표적 사이의 측정값을 문헌에서 모아 담고, CC BY-SA 3.0 으로 공개합니다.

접두어와 로컬 이름을 콜론으로 이어 긴 식별자 주소를 줄여 쓰는 표기입니다. 접두어 표가 있으면 전체 주소로 되돌릴 수 있습니다.

사람 질병을 상하 관계로 정리한 공개 온톨로지입니다. 질병마다 DOID 식별자를 붙이고 다른 질병 분류와 교차 참조합니다.

약물의 성분, 표적, 작용, 상호작용을 모은 데이터베이스입니다. 이름과 식별자 목록은 따로 공개되어 있지만 전체 자료의 상업 이용은 별도 허락이 필요합니다.

허가 약의 성분, 적응증, 약리 분류, 표적을 모은 공개 데이터베이스입니다. 재창출 그래프의 약리 분류와 일부 결합 관계 원천입니다.

유전자, 약, 질병, 경로, 부작용 같은 생명의학 지식을 여러 공개 원천에서 모아 하나로 이은 이종 네트워크입니다. 약물 재창출 연구에 쓰려고 만들었고, 원천마다 이용 조건이 다릅니다.

사람 유전자의 공식 기호와 이름을 정하는 위원회와 그 목록입니다. TP53 이나 BRCA1 같은 기호가 여기서 정해집니다.

미국 국립의학도서관이 의학 문헌을 색인하려고 만든 통제 어휘입니다. 질병, 증상, 화학 물질 같은 주제어를 나무 구조로 묶습니다.

미국 국립생물공학정보센터가 운영하는 유전자 데이터베이스입니다. 숫자 식별자로 생물 종별 유전자를 가리킵니다.

질병과 표적 사이의 근거를 유전학, 문헌, 약물 정보에서 모아 점수로 보여 주는 공개 플랫폼입니다. 표적 발굴의 근거 원천으로 씁니다.

미국 국립보건원이 운영하는 화학 물질 데이터베이스입니다. 화합물마다 CID 를 붙이고 구조와 시험 결과를 담습니다.

사람 생물학적 경로와 반응을 전문가가 정리한 공개 데이터베이스입니다. 경로마다 참여하는 분자와 반응 순서를 담습니다.

허가된 약의 부작용을 의약품 설명서에서 뽑아 모은 데이터베이스입니다. CC BY-NC-SA 4.0 이라 상업 서비스에 그대로 넣을 수 없습니다.

여러 의학 어휘의 같은 개념을 하나의 개념 식별자(CUI)로 잇는 체계입니다. 쓰려면 미국 국립의학도서관과 이용 계약을 맺어야 합니다.

단백질의 서열과 기능 정보를 모은 공개 데이터베이스입니다. 단백질 항목마다 접근 번호를 붙여 다른 원천과 잇습니다.

연구자들이 함께 고치는 생물학적 경로 데이터베이스입니다. 경로 그림과 참여 유전자 목록을 공개합니다.